Según refiere Güenechea en la misiva, varios miembros del consejo de dirección de Cofares estarían posicionándose en su contra, con el fin de facilitar el acceso a la presidencia del actual vicepresidente de la compañía, Eduardo Pastor.
El origen de la batalla interna comenzó tras el escándalo de las vacunas Bexsero (contra la meningitis B). En él se vieron a dos directivos de la compañía: Juan Luis Longobardo, propietario de una farmacia situada en Recas (Toledo) y encargado interterritorial de Cofares en Madrid y Toledo; y Aquilino Rodríguez, responsable del área de Castilla y León y propietario de una farmacia en Manganeses de la Polvorosa (Zamora).
Rodríguez y Longobardo fueron acusados de, supuestamente, utilizar su posición en la empresa para asegurar el abastecimiento de la vacuna Bexsero en una serie de farmacias de su propiedad, contando con la ayuda de los comerciales de zona correspondientes, quienes, a su vez, son familiares de ambos consejeros. Así, por ejemplo, la farmacia del toledano municipio de Recas se convirtió en una de las mejor abastecidas de España, con 600 viales para 4.000 habitantes.
Tras salir a la luz la supuesta trama, Güenechea anunció la intención de la compañía de destituir a los implicados pero, según afirma en la carta dirigida a los establecimientos farmacéuticos, "sorprendentemente, un sector del Consejo Rector se opone a tomar las medidas disciplinarias sugeridas por el comité de cumplimiento, incluso a continuar con las investigaciones hasta el esclarecimiento total de los hechos".
Con este panorama de división interna en la compañía, 8 consejeros del grupo dirección se muestran a favor del relevo en la presidencia de Cofares, mientras que sólo 6 se mantienen fieles a José Ignacio Güenechea.
El futuro de la dirección de la compañía deberá esclarecerse en la próxima asamblea, convocada para el próximo 8 de febrero. Entre los puntos a tratar durante la reunión se encuentran la destitución o no de de los altos cargos implicados en la supuesta trama de las vacunas contra la meningitis y la continuidad del presidente en la Cooperativa.